Skip to content. | Skip to navigation

Personal tools
Log in
Sections
You are here: Home Education Analysis Bioinformatics for Marine Science

Analysis Bioinformatics for Marine Science

 

Etablissement porteur Analysis and Bioinformatics for Marine Science) de la Station Biologique de Roscoff (CNRS/UPMC)                                                             
Responsable

Christophe Caron (IR CNRS) - Responsable de la plateforme

Durée de la formation 1 à plusieurs jours
Diplôme délivré Attestation de présence
Niveau requis à l'intégration Aucun : niveau intiation
Spécificités en biologie systémique Bioinformatique
Partenariats

Institut Français de Bio-informatique (IFB)/  Réseau National de bioinformatique (ReNaBi)

Page web http://abims.sb-roscoff.fr/training/courses

L'offre de formation en bio-informatique de la plateforme ABiMS repose sur des modules de formation d'initiation aux environnements (Linux, Cluster, etc.), d'utilisation des outils (Galaxy, etc.) et langages (PERL, R, etc.), et de compréhension des méthodes (RNA-seq, Analyses statistiques, etc.). ABiMS est également en mesure de proposer des formations à façon pour des communautés (e.g. Métabolomique) ou des projets (École thématique). L'offre est intégrée à l'infrastructure nationale IFB (Institut Français Bio-informatique), et propose une douzaine de modules ouverts à toutes les communautés.

Training courses

 

2016 Programme

This year, two training sessions are planned :

  • a spring session dedicated to Linux
  • a fall session focused on Galaxy

Speakers are mainly  engineers working for the  ABiMS platform, but experts outside the platform are also in charge of some of the modules (ex: Thomas Broquet - R Inititiation, B. Billoud - R avancé).

A brief description of each module is available on line (see table below). Please refer to these descriptions to check the possible pre-requisites.

If the number of pre-registered people is too small (less than 5 people), the course will be cancelled.

 

Module Date Speakers Registration status Number of registered / slots
Galaxy Initiation 30/05 M. Monsoor, L. Guegen Closed 10 / 18 [slides]
Linux Initiation [EN] 31/05 G. Le Corguillé / M. Hoebeke Closed 10 / 18 [slides]
Linux Avancé [EN] 01/06 G. Le Corguillé / M. Hoebeke Closed 6 / 18 [slides]
 
R Initiation [EN] 06/06 T. Broquet / G. Le Corguillé Complete 18 / 18  
R Avancé 07/06 B. Billou / M. Monsoor Closed 16 / 18  
Linux Cluster [EN] 09/06 G. Le Corguillé / M. Hoebeke Open 10 / 18  
 
RNASeq using Galaxy Planned in Autumn E. Corre / Xi Liu / G. Le Corguillé Not open yet / 18  
Linux Cluster Planned Autumn G. Le Corguillé / M. Hoebeke Not open yet / 18

Pour plus d'informations sur les disponibilités et les conditions d'accueil, vous pouvez contacter :

Hélène Huelvan : huelvan(at)sb-roscoff.fr, 02.98.29.23.98.