Le département MathNum a la tristesse de vous faire part du décès de Daniel Kahn, directeur de recherche en bioinformatique, survenu brutalement le 11 mai 2025 à l’âge de 70 ans.
Après un diplôme d’ingénieur polytechnicien obtenu en 1976 et une thèse en Enzymologie obtenue en 1978 à l’Université Paris XI Orsay, Daniel Kahn a rejoint l’INRA en 1981, en qualité de chargé de recherche pour le département Santé des Plantes et Environnement dans le Laboratoire de Biologie Moléculaire des Relations Plantes-Microorganismes du centre INRA de Toulouse. Il est l’un des pionniers de la bioinformatique à l’INRA.
Il s’intéresse d’abord aux méthodes d’analyse de séquences génomiques et est l’un des concepteurs de la base de données ProDom. Sachant que de nombreuses protéines présentent une structure modulaire et sont organisées comme des enchaînements de domaines relativement autonomes du point de vue structural et évolutif, ces protéines peuvent donc s’interpréter comme un arrangement combinatoire de domaines. La base de données ProDom de familles de domaines protéiques a été conçue afin de faciliter la compréhension de ces arrangements. Les séquences de protéines sont systématiquement découpées en domaines afin d’en analyser la combinatoire. Un algorithme original a été développé, qui recherche des familles de domaines non pas directement à partir des séquences protéiques, mais à partir de séquences déjà regroupées en familles homologues. Ces regroupements s’apparentent à une compression de données et ont grandement facilité le passage à l’échelle. Les résultats du projet PRIAM, qui suit le projet ProDom et est basé sur la même méthodologie, sont utilisés pour l’annotation fonctionnelle du métabolisme.
En 2005, Daniel Kahn est détaché à Inria, dans l’équipe projet HELIX du Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive (LBBE) de Lyon. Il réintègre l’INRA en 2009, dans le département Mathématiques et Informatique Appliquées du fait de ses compétences disciplinaires, et est mis à disposition du LBBE. Tout en continuant à s’intéresser aux méthodes d’analyse de séquences, c’est dans cet environnement qu’il développe des recherches selon deux axes : la modélisation du métabolisme (couplage entre métabolisme et réseaux de gènes), et l’évolution du métabolisme (analyse des interactions entre enzymes qui pourraient être détectées sur la base de couplages évolutifs). Mais, surtout, il s’emploie à promouvoir et à développer l’enseignement de la biologie des systèmes.
Il crée en 2009 une Unité d’Enseignement de Modélisation des réseaux biologiques en 5ème année de l’INSA-Lyon en collaboration avec Hidde de Jong (Inria, Grenoble). Il intervient également sur cette thématique à l’ENS-Lyon, en L3 de biologie et dans le Master « Systèmes complexes ». Il est membre du bureau de la Fédération Lyonnaise de Biologie Systémique (BioSyL) qui rassemble une soixantaine d’équipes de la place lyonnaise et organise chaque année un colloque international dans le domaine (Lyon SysBio). Il est à l’initiative et responsable de CompSysBio, une école thématique bisannuelle sur la biologie des systèmes computationnelle. Il devient membre du Comité National de la Recherche Scientifique (CoNRS) afin de contribuer à renforcer les approches interdisciplinaires associant la biologie et la modélisation (CID51). Dans ce cadre du CoNRS, il participe à une réflexion prospective sur les approches de modélisation en biologie.
En 2017, il rejoint le Laboratoire d’Ecologie Microbienne de Lyon, jusqu’à son départ à la retraite en 2020. Son projet scientifique prévoyait son implication dans des thématiques nouvelles : l’interprétation fonctionnelle des données de métagénomique et de métatranscriptomique dans le contexte de l’analyse des interactions bactéries-plante, les méthodologies d’analyse statistique des données Tn-seq, le co-encadrement du volet bioinformatique des travaux autour de l’écologie
d’Agrobacterium tumefaciens.
On mesure ainsi les grandes qualités scientifiques de Daniel Kahn, la richesse de ses activités, tant sur le plan scientifique qu’au niveau de l’animation et de la formation. C’était un scientifique exigeant, c’était aussi un collègue sympathique, d’une grande simplicité.
A sa famille, à ses proches, nous présentons nos plus sincères condoléances.
Après un diplôme d’ingénieur polytechnicien obtenu en 1976 et une thèse en Enzymologie obtenue en 1978 à l’Université Paris XI Orsay, Daniel Kahn a rejoint l’INRA en 1981, en qualité de chargé de recherche pour le département Santé des Plantes et Environnement dans le Laboratoire de Biologie Moléculaire des Relations Plantes-Microorganismes du centre INRA de Toulouse. Il est l’un des pionniers de la bioinformatique à l’INRA.
Il s’intéresse d’abord aux méthodes d’analyse de séquences génomiques et est l’un des concepteurs de la base de données ProDom. Sachant que de nombreuses protéines présentent une structure modulaire et sont organisées comme des enchaînements de domaines relativement autonomes du point de vue structural et évolutif, ces protéines peuvent donc s’interpréter comme un arrangement combinatoire de domaines. La base de données ProDom de familles de domaines protéiques a été conçue afin de faciliter la compréhension de ces arrangements. Les séquences de protéines sont systématiquement découpées en domaines afin d’en analyser la combinatoire. Un algorithme original a été développé, qui recherche des familles de domaines non pas directement à partir des séquences protéiques, mais à partir de séquences déjà regroupées en familles homologues. Ces regroupements s’apparentent à une compression de données et ont grandement facilité le passage à l’échelle. Les résultats du projet PRIAM, qui suit le projet ProDom et est basé sur la même méthodologie, sont utilisés pour l’annotation fonctionnelle du métabolisme.
En 2005, Daniel Kahn est détaché à Inria, dans l’équipe projet HELIX du Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive (LBBE) de Lyon. Il réintègre l’INRA en 2009, dans le département Mathématiques et Informatique Appliquées du fait de ses compétences disciplinaires, et est mis à disposition du LBBE. Tout en continuant à s’intéresser aux méthodes d’analyse de séquences, c’est dans cet environnement qu’il développe des recherches selon deux axes : la modélisation du métabolisme (couplage entre métabolisme et réseaux de gènes), et l’évolution du métabolisme (analyse des interactions entre enzymes qui pourraient être détectées sur la base de couplages évolutifs). Mais, surtout, il s’emploie à promouvoir et à développer l’enseignement de la biologie des systèmes.
Il crée en 2009 une Unité d’Enseignement de Modélisation des réseaux biologiques en 5ème année de l’INSA-Lyon en collaboration avec Hidde de Jong (Inria, Grenoble). Il intervient également sur cette thématique à l’ENS-Lyon, en L3 de biologie et dans le Master « Systèmes complexes ». Il est membre du bureau de la Fédération Lyonnaise de Biologie Systémique (BioSyL) qui rassemble une soixantaine d’équipes de la place lyonnaise et organise chaque année un colloque international dans le domaine (Lyon SysBio). Il est à l’initiative et responsable de CompSysBio, une école thématique bisannuelle sur la biologie des systèmes computationnelle. Il devient membre du Comité National de la Recherche Scientifique (CoNRS) afin de contribuer à renforcer les approches interdisciplinaires associant la biologie et la modélisation (CID51). Dans ce cadre du CoNRS, il participe à une réflexion prospective sur les approches de modélisation en biologie.
En 2017, il rejoint le Laboratoire d’Ecologie Microbienne de Lyon, jusqu’à son départ à la retraite en 2020. Son projet scientifique prévoyait son implication dans des thématiques nouvelles : l’interprétation fonctionnelle des données de métagénomique et de métatranscriptomique dans le contexte de l’analyse des interactions bactéries-plante, les méthodologies d’analyse statistique des données Tn-seq, le co-encadrement du volet bioinformatique des travaux autour de l’écologie
d’Agrobacterium tumefaciens.
On mesure ainsi les grandes qualités scientifiques de Daniel Kahn, la richesse de ses activités, tant sur le plan scientifique qu’au niveau de l’animation et de la formation. C’était un scientifique exigeant, c’était aussi un collègue sympathique, d’une grande simplicité.
A sa famille, à ses proches, nous présentons nos plus sincères condoléances.
Christine Cierco-Ayrolles
Pour le Département MathNum d’INRAE
Pour le Département MathNum d’INRAE
