| Disciplines | Biologie |
|---|---|
| Domaines | Modèles multi-échelles, Protéome, Expression génique |
| Tutelles | UCBL, CNRS, Inria |
| Localisation géographique | ENS de Lyon (Campus Charles Mérieux) |
| Laboratoire d'appartenance | LBMC |
| Chef d'équipe | Olivier Gandrillon |
| Page web | http://www.ens-lyon.fr/LBMC/equipes/systems-biology-of-decision-making |
L’autorenouvellement est pour les organismes eucaryotes supérieurs à la fois une nécessité vitale et un danger mortel. La nécessité vitale est liée au besoin constant de régénération de différents tissus (à titre d’exemple, le corps humain produit chaque jour 200 milliards de globules rouges). Le plus grand danger réside dans l’apparition d’un autorenouvellement incontrôlé, résultant en un cancer qui peut détruire l’organisme.Notre compréhension des mécanismes moléculaires en jeu dans ce processus si essentiel, reste encore extrêmement limitée. Nous avons déployé au laboratoire une stratégie d’analyse de ce phénomène biologique au travers de 3 projets.
1. DRACULA - Modeling normal and pathological hematopoiesis.
Il s'agit d’une équipe-projet INRIA en coopération avec l’équipe de mathématiciens M3B qui vise à modéliser l’hématopoièse. Dans un premier temps nous nous attacherons à modéliser les phénomènes à l'échelle des populations cellulaires, en prenant en compte tous les rétrocontrôles biologiquement pertinents. Puis nous intègrerons de manière explicite les mécanismes moléculaires responsables de ces rétrocontrôles, de façon à développer des modèles multi-échelles. Deux lignages de différenciation seront particulièrement étudiés : l’érythropoièse et la génération de lymphocytes CD8 mémoire (en collaboration avec l’équipe de Jacqueline Marvel - IFR 128).
2. StochaGene : Molecular causes and cellular role of the stochasticity of gene expression.
Ce projet, sous la responsabilité d’Olivier Gandrillon, vise à développer des approches systémiques, combinant expériences humides et modélisation pour
Il s'agit d’une équipe-projet INRIA en coopération avec l’équipe de mathématiciens M3B qui vise à modéliser l’hématopoièse. Dans un premier temps nous nous attacherons à modéliser les phénomènes à l'échelle des populations cellulaires, en prenant en compte tous les rétrocontrôles biologiquement pertinents. Puis nous intègrerons de manière explicite les mécanismes moléculaires responsables de ces rétrocontrôles, de façon à développer des modèles multi-échelles. Deux lignages de différenciation seront particulièrement étudiés : l’érythropoièse et la génération de lymphocytes CD8 mémoire (en collaboration avec l’équipe de Jacqueline Marvel - IFR 128).
2. StochaGene : Molecular causes and cellular role of the stochasticity of gene expression.
Ce projet, sous la responsabilité d’Olivier Gandrillon, vise à développer des approches systémiques, combinant expériences humides et modélisation pour
- Comprendre les causes de la stochasticité de l’expression génique dans des cellules eucaryotes supérieures
- Analyser la façon dont cette stochasticité se transmet des échelles moléculaires aux échelles tissulaires, et dont les différents nivaux interagissent pour la conserver, l’amplifier ou l’atténuer.
- Etudier le rôle de la stochasticité de l’expression génique dans les phénomènes de choix cellulaires.
3. SinCity - Single Cell investigation by transcriptomics analysis.
Il s’agit d’un projet développé sous la responsabilité de Sandrine Giraud et qui vise à comprendre le rôle de la variabilité de l'expression génique au niveau de la cellule unique, par (1) la production de données quantitatives (RTqPCR, time lapse) durant un processus de différenciation physiologique et (2) la mise en place d'outils d'analyse dédiés.
