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MCF in the Laboratoire Génome et Développement des Plantes

Identification de l’emploi : MCF section CNU N°27
Composante, unité de recherche : UFR SEE - Laboratoire Génome et Développement des Plantes

 

Profil Court :

Modélisation et simulation des systèmes biologiques complexes - algorithmique et programmation parallèle

 

Recherche :

Comprendre et prédire l’adaptation des plantes aux actuelles évolutions de l’environnement possède des implications scientifiques et socio-économiques majeures puisque celles-ci constituent la majorité des ressources alimentaires de l’espèce humaine et la base de tous les écosystèmes terrestres. Au cours des vingt dernières années, le LGDP a acquis une forte reconnaissance internationale dans l’analyse des mécanismes moléculaires impliqués dans ces adaptations, et dans l’étude des dynamiques évolutives d’espèces clés telles qu’Arabidopsis thaliana ou le riz, Oryza sativa. L’ensemble de ces travaux reposent sur une diversité d’approches ‘-omiques’ dont les développements biotechnologiques extrêmement dynamiques permettront dans un futur proche de caractériser les génomes et la régulation de leur expression à l’échelle individuelle et infra-individuelle. Ces données, qui sous-tendent d’ors et déjà les projets d’individualisation des pratiques médicales, transformeront également à très court terme la biologie de l’environnement puisqu’elles permettront de caractériser la variabilité des mécanismes grâce auxquels les populations et les espèces s’adaptent à des stress biotiques et/ou abiotiques. Ce gain d’information sur l’hétérogénéité des processus pose de nombreux défis conceptuels à la résolution desquels le LGDP souhaite jouer un rôle moteur grâce au développement d’approches de modélisation permettant d’étudier la relation entre variabilité inter- et infra-individuelle et capacités des populations et espèces végétales naturelles ou domestiquées à s’adapter à des changements rapides de leur environnement. Pour ceci, le LGDP souhaite recruter un(e) MdC informaticien(e) spécialiste du développement de modèles individus centrés et/ou de modèles multi-échelles, pour la simulation et l’analyse de systèmes biologiques complexes.

Volet Enseignement

Le maître de conférences recruté viendra renforcer le potentiel d’enseignants d'informatique au sein du département de Mathématiques Informatique de l’Université de Perpignan Via Domitia. Il devra combler une partie du déficit notamment au sein du Master Calcul Haute Performance et Simulations dont les besoins en enseignement d’informatique concernent plus spécifiquement les domaines de l’Algorithmique et Programmation Parallèle ainsi que Architectures et modèles de calcul. D’autres besoins concernent plus généralement la Licence Informatique mais également certains enseignements d’Informatique à l'école d'ingénieur SupEnR.

Profil du candidat:

Nous recherchons donc des candidat(e)s enthousiastes, doué(e)s d'une grande motivation pour le travail à l’interface entre l’informatique et la biologie et pouvant jouer un rôle important dans le développement des modèles multi-échelles que nous souhaitons mettre en place dans les années à venir.

L'équipe:

La personne recrutée viendra renforcer l'équipe de ‘Biologie Théorique’ nouvellement créée au laboratoire. L'ambition de cette jeune équipe est d’arriver à développer des approches de modélisation permettant de faire le lien entre les mécanismes moléculaires de la régulation de l’expression des gènes impliqués dans les réponses des plantes à des changements de leur environnement et les dynamiques éco-évolutives des espèces en milieu naturel (http://lgdp.univ-perp.fr/index.php?page=equipe-7).

Contact :

Lieu(x) d’exercice : Laboratoire Génome et Développement des Plantes (http://lgdp.univ-perp.fr/)
Nom directeur unité de recherche : Jean-Marc Deragon (jean-marc.deragon@univ-perp.fr)
Responsable de l’équipe d’accueil : Sébastien Gourbiere (
gourbiere@univ-perp.fr)