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"Bonnes pratiques en biologie systémique"

La biologie des systèmes est essentiellement un processus par lequel une question biologique est proprement posée afin que les données qui sont générées puisse ensuite alimenter le «cercle vertueux», et notamment la phase de modélisation. Il est d'une importance cruciale que les scientifiques désireux de s'engager dans un tel processus le fasse le plus tôt possible au cours de leurs projets.

Vous trouverez ci-dessous quelques références qui pourrons vous être utiles avant de vous lancer dans un nouveau projet. Notons que certaines de ces références peut également être utiles pour des collègues déjà engagés dans des activités systémiques, en les aidant à formaliser ce processus. Ces références pourraient se révéler particulièrement utiles pour de jeunes étudiants désireux de s'engager dans une recherche en biologie systémique.

Références :

Noble WS (2009) A Quick Guide to Organizing Computational Biology Projects. PLoS Comput Biol 5(7): e1000424. doi:10.1371/journal.pcbi.1000424

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Osborne JM, Bernabeu MO, Bruna M, Calderhead B, Cooper J, et al. (2014) Ten Simple Rules for Effective Computational Research. PLoS Comput Biol 10(3): e1003506. doi:10.1371/journal.pcbi.1003506

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- Bree B. Aldridge, John M. Burke, Douglas A. Lauffenburger and Peter K. Sorger (2006). Physicochemical modelling of cell signalling pathways. Nature Cell Biology 8, 1195-1203.

- Clemens Kreutz and Jens Timmer (2009). Systems biology: experimental design. FEBS Journal 276, 923–942.

- Denis Noble (2008). Claude Bernard, the first systems biologist, and the future of physiology. Exp Physiol 93.1 pp 16–26 16

- Jean-Pierre Boissel, Benjamin Ribba, Emmanuel Grenier, Guillemette Chapuisat and Marie-Aimée Dronne (2008). Modelling methodology in physiopathology. Progress in Biophysics and Molecular Biology 97, 28–39