| Etablissement porteur | Analysis and Bioinformatics for Marine Science) de la Station Biologique de Roscoff (CNRS/UPMC) |
|---|---|
| Responsable |
Christophe Caron (IR CNRS) - Responsable de la plateforme |
| Durée de la formation | 1 à plusieurs jours |
| Diplôme délivré | Attestation de présence |
| Niveau requis à l'intégration | Aucun : niveau intiation |
| Spécificités en biologie systémique | Bioinformatique |
| Partenariats |
Institut Français de Bio-informatique (IFB)/ Réseau National de bioinformatique (ReNaBi) |
| Page web | http://abims.sb-roscoff.fr/training/courses |
L'offre de formation en bio-informatique de la plateforme ABiMS repose sur des modules de formation d'initiation aux environnements (Linux, Cluster, etc.), d'utilisation des outils (Galaxy, etc.) et langages (PERL, R, etc.), et de compréhension des méthodes (RNA-seq, Analyses statistiques, etc.). ABiMS est également en mesure de proposer des formations à façon pour des communautés (e.g. Métabolomique) ou des projets (École thématique). L'offre est intégrée à l'infrastructure nationale IFB (Institut Français Bio-informatique), et propose une douzaine de modules ouverts à toutes les communautés.
Training courses
2016 Programme
This year, two training sessions are planned :
- a spring session dedicated to Linux
- a fall session focused on Galaxy
Speakers are mainly engineers working for the ABiMS platform, but experts outside the platform are also in charge of some of the modules (ex: Thomas Broquet - R Inititiation, B. Billoud - R avancé).
A brief description of each module is available on line (see table below). Please refer to these descriptions to check the possible pre-requisites.
If the number of pre-registered people is too small (less than 5 people), the course will be cancelled.
| Module | Date | Speakers | Registration status | Number of registered / slots | |
|---|---|---|---|---|---|
| Galaxy Initiation | 30/05 | M. Monsoor, L. Guegen | Closed | 10 / 18 | [slides] |
| Linux Initiation [EN] | 31/05 | G. Le Corguillé / M. Hoebeke | Closed | 10 / 18 | [slides] |
| Linux Avancé [EN] | 01/06 | G. Le Corguillé / M. Hoebeke | Closed | 6 / 18 | [slides] |
| R Initiation [EN] | 06/06 | T. Broquet / G. Le Corguillé | Complete | 18 / 18 | |
| R Avancé | 07/06 | B. Billou / M. Monsoor | Closed | 16 / 18 | |
| Linux Cluster [EN] | 09/06 | G. Le Corguillé / M. Hoebeke | Open | 10 / 18 | |
| RNASeq using Galaxy | Planned in Autumn | E. Corre / Xi Liu / G. Le Corguillé | Not open yet | / 18 | |
| Linux Cluster | Planned Autumn | G. Le Corguillé / M. Hoebeke | Not open yet | / 18 |
Pour plus d'informations sur les disponibilités et les conditions d'accueil, vous pouvez contacter :
Hélène Huelvan : huelvan(at)sb-roscoff.fr, 02.98.29.23.98.
